Eurofarma tiene el objetivo de mejorar procesos en conformidad con las certificaciones reconocidas y exigidas por el mercado internacional. La empresa conquistó la ISO 9001, versión 2000, y ahora continua en la mejora del Sistema de Calidad. Otra meta consolidada, en 2006, fue la obtención de la certificación ISO 14001. El objetivo de la empresa, abarca también las certificaciones específicas de su mercado de actuación. La estructura tecnológica y de personal debidamente capacitado hizo posible que la empresa ingresase en la Red Brasileña de Laboratorios Analíticos de Salud (Reblas), que certificó a Eurofarma como entidad oficial autorizada por la Anvisa para realizar pruebas de equivalencia farmacéutica. En todos los segmentos industriales en donde actúa, la empresa mantiene un rígido cumplimiento de las normas de GMP, basadas en las reglamentaciones vigentes en el país, establecidas y fiscalizadas por la Anvisa. Pero Eurofarma también se prepara para alcanzar la certificación de órganos internacionales, como FDA y Emea.
En todos los segmentos industriales en donde actúa, Eurofarma también mantiene un rígido cumplimiento de las normas de Good Manufacturing Practices (GMP), basadas en las reglamentaciones vigentes en el país, establecidas y fiscalizadas por la Anvisa.
Un certificado ISO 14001:2004 garantiza que el Sistema de Gestión Ambiental Eurofarma fue evaluado con relación al mejor modelo de prácticas y se consideró conforme. Emitido por terceros, una empresa idónea, el certificado garantiza a sus empleados y colaboradores que se reducen activamente los impactos ambientales de los procesos de su compañía, productos y servicios.
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Debido a su estructura tecnológica y de personal altamente capacitado, Eurofarma recibió habilitación de Reblas (Red Brasileña de Laboratorios Analíticos de Salud) – que certificó a la empresa como entidad oficial habilitada por la Agencia Nacional de Vigilancia Sanitaria (Anvisa) para realizar pruebas de equivalencia farmacéutica con la Agencia Europea de Medicamentos.

La Unidad Freguesia do Ó recibió, en Noviembre de 2007, la auditoría del EMEA, que certificó la línea de cefalosporínicos inyectables. La certificación es valida por 3 años y, durante este periodo, se realizan análisis de muestras recibidas en Europa por el EMEA. Eurofarma es el primer laboratorio brasileño que recibe la certificación para esta línea de productos.